沈阳化工大学生物工程专业于1999年经教育部批准设立，2000年开始正式招生，2020年获批辽宁省一流专业建设点，2021年通过中国工程教育认证，2022年获批国家级一流本科专业建设点。拥有“生物化工”二级学科硕士点和“生物与医药”专业学位硕士点。

生物工程专业现有专职教师22人，其中教授4人，副教授4人，讲师12人，辽宁省生物工程专业教学指导委员会委员1人，辽宁省教学名师1人，“兴辽计划”科技创新领军人才1人，辽宁省优秀中青年骨干教师1人。沈阳化工大学生物工程专业教学团队入选全国石油和化工教育优秀教学团队。专业拥有沈阳市靶向农药重点实验室、沈阳化工大学应用生物学研究所等研发平台，近年来在生物无机化学、天然活性成分发现与改造、巨噬细胞药物等研究领域取得一系列进展。创制新药“补骨脂种子提取物微乳剂”于2019年获得国家农业农村部登记证，已推广使用面积100多万亩。2020年应用生物学研究所与企业合作，成功研制出三款新型冠状病毒检测试剂盒，进入国家商务部白名单并获得欧盟CE认证。“针对甲流+新冠的双荧光检测试剂盒的研发”项目获批“科技助力经济2020”重点专项立项。两项科研成果发表于Cell旗下杂志《Heliyon》荣获交叉学科领域“细胞出版社（Cell Press）2021年度最受欢迎中国论文”。靶向实体瘤的巨噬细胞药物研究也取得了突破性进展。

生物工程专业坚持“面向地方，服务辽宁，面向行业，服务全国”的办学定位，依据生物工程及医药行业发展趋势和市场需求，以“培养品德高尚、专业过硬、情商出众、强于实践、勇于创新的高素质应用型人才”为根本，建立了以OBE理念、CDIO模式、“CHP”三化机制（家庭化培养、个性化指导、协同化育人）的“113”应用型人才培养体系。构建了职业真实背景育人环境，以项目为载体，以提高创新能力为主线，以解决生物制造与加工过程中的复杂工程问题为驱动的实践教学体系。建有辽宁省制药与生物虚拟仿真实验教学中心、生物化学实验室、微生物学实验室、分子生物学与基因工程实验室、微生物工程实验室、生物工程综合实验室等。专业持续推进校企协同育人水平，聘请了十余名企业专家作为兼职教师，与希杰生物、沈阳三生制药等20余家企业签订了校企合作协议，设立“希杰励志奖学金”、“林·达助学金”等企业奖学金多项。近三年获得省级教学成果二等奖等多项奖励。

本专业成立二十多年来，为我国生物工程产业的发展输送了千余名工程实践和行业适应能力强的专业人才，有的已成为生物工程领域的科技精英、企业创始人。